Como vc mesmo disse, e legislação prevê a certificação de agroindústria com produção paralela, no entanto, existem algumas ressalvas para isso ser possível, explico:
É preciso especificar claramente se a separação do processo de fabricação vai ser no tempo, ou no espaço. No tempo, seria a definição do calendário em que estaria sendo fabricado apenas ração orgânica (e a forma da limpeza dos equipamentos), e no espaço, seria ter uma sala com equipamentos específicos que trabalhariam apenas com a matéria prima orgânica. Mesma questão precisa ser olhada na parte do estoque, especialmente se for guardado a granel.
Outro aspecto importante de ser observado, é com relação aos produtos permitidos para o controle de vetores.